Nyholm
I forlængelse af Flådestation Holmen, som siden 1990'erne er overgået til civile formål, har Forsvaret fortsat til huse på Nyholm.

Nyholm blev til, da de mange træskibe, som i 1600 tallet blev bygget på Slotsholmen og Bremerholm, udgjorde en brand- og sundhedsfare for København, hvorfor man i 1680 begyndte flytte flåden udenfor byen. Først til Arsenaløen siden til Holmen og Nyholm. Ansvarlig for planen var general-admiral-løjtnant Niels Juel.
Indkørslen til Nyholm i 2010

I 1685 byggede man desforuden i forlængelse af Christianshavn et forsvarsanlæg, som bestod af en vold med syv bastioner. Bastionerne eksisterer endnu og er kendt som Christianshavns Vold. I Carls Bastion og Wilhems Bastion (de to krudtmagasiner er Holmen områdets ældste bygninger, hhv. fra 1688 og 1690), kan man stadig opleve de oprindelige krudtmagasiner

Den nordligste bastion var Charlotte Amalies Bastion, og nord for denne blev der etableret to kanonbatterier, Batteriet Quintus og Batteriet Neptunus. Det sidste navn stammede fra det sænkede skib, som var grundlaget for batteriet. Dette batteri blev senere omdøbt til Christiani Sixti Batteri, i dag kendt som Batteriet Sixtus eller bare Sixtus.

Man fortsatte med at sænke udrangerede orlogsskibe og Nyholm blev en realitet. I Nyholms nordlige ende sænkede man skibet Elephanten i en 90 graders vinkel på øen. Herved skabtes en lille ø, og på denne måde fik man skabt beskyttelse for de skibe, der lå for anker ved Nyholm. "Øen" Elefanten har i mange år været landfast med Nyholm og opfattes i dag som en mole, ikke som en ø. Det store vandareal mellem Nyholm og Sjælland blev kaldt "Flådens Leje".

På Nyholm anlagde man beddinger til bygning af orlogsskibe, og det første skib, som blev søsat fra Nyholm, var Dannebrog i 1692. Skibet sprang i øvrigt i luften den 4. oktober 1710 under kamp mod svenskerne i Køge Bugt. Efterhånden flyttede byggeriet af alle de store skibe til Nyholm, og på Gammelholm byggedes der nu kun mindre skibe, men flåden opretholdt aktiviteter i området helt frem til midten af 1800-tallet.

Efter 1692 blev der bygget adskillige skibe på Nyholm, og her så man i 1750 for første gang en dansk konge, Frederik 5., i søofficersuniform i forbindelse med søsætningen af et nybygget skib. I 1807 ødelagde englænderne tre skibe på beddingerne på Nyholm, men selv om det var dårlige tider for flåden, blev der fortsat bygget skibe på beddingerne. Kanonbådsskurene.


Det sidste skib løb af stabelen i 1918, hvorefter skibsbyggeriet og en række andre værksteder blev flyttet fra Nyholm til den sydligere beliggende Frederiksholm. Orlogsværftet blev udskilt fra flåden og blev en civil virksomhed med egen direktør.

Nyholm var oprindelig noget mindre end i dag. Den strakte sig nogenlunde fra den nuværende nordlige ende ved Sixtus til dér, hvor Vestre Gamle Takkeladshus ligger i dag. Senere blev øen udvidet ned til Charlotte Amalies Bastion, den udstrækning øen har i dag. Denne udvidelse fandt sted mellem 1780 og 1820.

Ubåden Sælen

Batteriet Quintus
På Batteriet Quintus, bag det nuværende Nyholm, og adskilt fra denne af Søminegraven, holdt Søværnets Minevæsen til. Her skete der i 1951 en stor katastrofe, da der udbrød brand i et mineværksted, og adskillige miner eksploderede. 2 personer fra søværnet blev dræbt, og 14 brandfolk fra Københavns Brandvæsen og Falcks Redningskorps mistede livet, da minerne eksploderede, mens de var i gang med slukningen. Over 60 mennesker blev såret ved ulykken. Efter ulykken flyttede man minedepoterne væk fra Holmen og til ubebyggede områder rundt om i landet.
Margretheholm
Bagom Charlotte Amalies Bastion, blev der under første verdenskrig bygget en flyvebådsstation, og her holdt Søværnets Flyvevæsen til frem til 1950, hvor tjenesten blev overført til det nyoprettede flyvevåben. På området flyttede derefter en række af søværnets skoler ind. Navnet, Margretheholm fik området efter den daværende tronfølger, dronning Margrethe 2.
